Capítulo 8 Instalación de paqueterías
Las paqueterías o librerías son herramientas que se utilizan en R y facilitan la manipulación de datos y realizar diferentes tipos de análisis y gráficos. Las paqueterías se pueden descargar desde tres repositorios principales:
Cada paquetería contiene su manual o documentación para conocer las opciones o argumentos que se pueden usar. También contienen datos de prueba para verificar que todo funcione. La instalación de las paqueterías se realiza una sola vez.
8.1 Paqueterías de CRAN
CRAN es el repositorio oficial de R contenido en una red de servidores ftp y web mantenidos por la comunidad R. Para que un paquete se publique en CRAN, debe pasar pruebas que garanticen que el paquete cumple con las políticas de la comunidad.
Aquí puedes consultar todas las paqueterías disponibles en CRAN. A continuación instalaremos la paquetería ggplot2, que se encuentra en el repositorio CRAN.
8.1.1 Instalación de paqueteria ggplot2
install.packages("ggplot2")El comando packageDescription() muestra una descripción general sobre la paquetería.
packageDescription("ggplot2")El comando help() muestra la ayuda sobre la paquetería.
help(package = "ggplot2")Si quieres eliminar una paquetería, utiliza el comando remove.packages() indicando entre paréntesis el nombre de la paquetería.
8.2 Paqueterías de Bioconductor
Bioconductor es un repositorio de temas específicos para software de código abierto en bioinformática. Para instalar cualquier paquetería de Bioconductor, es necesario instalar BiocManager, que es el gestor de paqueterías de Bioconductor.
8.2.1 Instalación de BiocManager
install.packages("BiocManager")Una vez instalado BiocManager, ya podemos instalar las paqueterías que se encuentran en Bioconductor. Aquí puedes revisar todas las paqueterías disponibles en Bioconductor.
8.2.2 Instalación de paqueterías de Bioconductor.
En este caso instalaremos la paquetería AnnotationDbi
BiocManager::install("AnnotationDbi")8.3 Paqueterías de GitHub
GitHub no es específico de R pero es el repositorio más popular para proyectos de código abierto. Su popularidad se debe al espacio ilimitado, la integración con git, control de versiones y su facilidad para compartir y colaborar con otros usuarios.
La instalación de paqueterías desde GitHub dependerá de instrucciones indicadas por los autores.